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리눅스_기초 #1. 현재 경로에 존재하는 파일들 확인하기

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  #1. 현재 경로에 존재하는 파일들 확인하기 ~$ ls 위와 같이 현재 설정되어있는 경로에 존재하는 폴더 , 파일들이 무엇이 있는지 확인 가능함 .   #2 설정되어 있는 경로 이동하기 ~$ cd [ 원하는 경로 ] cd Desktop/demo 위와 같이 원하는 경로로 이동하면 , 파란색으로 현재 설정된 directory 가 확인됨  ( 참고 cd – change directory 의 약자 )   상위 폴더로 이동 ~$ cd .. 위와 같이 원하는 경로로 이동하면 , 파란색으로 상위 폴더로 이동한 것을 알 수 있음 .   원하는 곳으로 바로 이동하기 ~$ cd / 경로 cd /home
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리눅스 기초 #10 GATK calling을 사용하기 위하여, reference file indexing하는 방법

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  GATK를 이용하여 돌연변이를 callilng하기 위해서는 indexing 작업이 필수적임 (대용량의 데이터를 처리하기 간편하게 위해서라고 생각하면 됨) #1) .fai파일 형성하기 samtools faidx ~[reference file을 보관한 경로] 예제는 전체 fasta file를 하기에는 시간상, chromosome 1을 대상으로 진행하겠음. samtools faidx ~/Desktop/demo/supporting_files/hg38_re/chr1.fa 위의 명령어가 제대로 되었다면, chr1.fa.fai 파일이 형성됨. ---------------------------------------------------------------------------------------------------- #2) .dict file 형성하기 GATK를 이용하여 진행할 것이므로 아래와 같이 GATK를 다운 받은 곳을 기반으로 경로 설정이 진행되어야 함. alias gatk ~[GATK을 다운받아서 unzip한 파일의 경로] 예) alias gatk="/home/sj/Downloads/gatk-4.3.0.0/gatk" JAVA 명령어를 이용하여, local.jar file과 spark.jar file를 활성화함. java -jar ~[GATK보관경로]/gatk-package-[버전이름].local.jar 위와 같이 활성화 아래도 똑같이 진행 java -jar ~[GATK보관경로]/gatk-package-[버전이름].spark.jar dictionary file 만드는 명령어 gatk CreateSequenceDictionary R=[reference file 경로] O=[.dict 생성될 경로] (o의 의미는 output) 위와 같이 끝나고 나면 chr1.dict file 생성됨 (생성된 것 확인할 것) 예) gatk CreateSequenceDictionary R=~/Desktop/demo/supporting_files/hg38_re/ch...
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리눅스 기초 #8 human reference file 다운 받기

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  [Mapping을 하기 위해서는 human reference file을 받고, 이를 통해 지정해줘야 함.] # reference file 다운 받는 방법 (- defalt값으로 설정된 곳에 다운 받는 것이 아니라, 내가 원하는 폴더를 지정하여 다운 받고자 함.) wget -p [내가 원하는 경로] [다운받을 주소] -1) hg38 모든 fasta file 을 한꺼번에 다운받는 방법 wget -P ~/Downloads/demo/test https://hgdownload.soe.ucsc.edu/goldenPath/hg38/bigZips/hg38.fa.gz 다운 받은 이후, zip 해제 unzip ~/Desktop/demo.test.hg38.fa.gz 위와 같이 폴더를 들어가지 않고 설정하여, unzip 할 수 있음. -2) hg38 모든 chromosome 별로 나눠서 다운로드 받는 방법 wget  -P ~/Downloads/demo/test http://hgdownload.cse.ucsc.edu/goldenPath/hg38/bigZips/chromFa.tar.gz tar xvzf  ~/Desktop/demo/test/ chromFa.tar.gz or  unzip ~/Desktop/demo/test/ chromFa.tar.gz
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