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리눅스_기초 #1. 현재 경로에 존재하는 파일들 확인하기

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  #1. 현재 경로에 존재하는 파일들 확인하기 ~$ ls 위와 같이 현재 설정되어있는 경로에 존재하는 폴더 , 파일들이 무엇이 있는지 확인 가능함 .   #2 설정되어 있는 경로 이동하기 ~$ cd [ 원하는 경로 ] cd Desktop/demo 위와 같이 원하는 경로로 이동하면 , 파란색으로 현재 설정된 directory 가 확인됨  ( 참고 cd – change directory 의 약자 )   상위 폴더로 이동 ~$ cd .. 위와 같이 원하는 경로로 이동하면 , 파란색으로 상위 폴더로 이동한 것을 알 수 있음 .   원하는 곳으로 바로 이동하기 ~$ cd / 경로 cd /home
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리눅스 기초 #10 GATK calling을 사용하기 위하여, reference file indexing하는 방법

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  GATK를 이용하여 돌연변이를 callilng하기 위해서는 indexing 작업이 필수적임 (대용량의 데이터를 처리하기 간편하게 위해서라고 생각하면 됨) #1) .fai파일 형성하기 samtools faidx ~[reference file을 보관한 경로] 예제는 전체 fasta file를 하기에는 시간상, chromosome 1을 대상으로 진행하겠음. samtools faidx ~/Desktop/demo/supporting_files/hg38_re/chr1.fa 위의 명령어가 제대로 되었다면, chr1.fa.fai 파일이 형성됨. ---------------------------------------------------------------------------------------------------- #2) .dict file 형성하기 GATK를 이용하여 진행할 것이므로 아래와 같이 GATK를 다운 받은 곳을 기반으로 경로 설정이 진행되어야 함. alias gatk ~[GATK을 다운받아서 unzip한 파일의 경로] 예) alias gatk="/home/sj/Downloads/gatk-4.3.0.0/gatk" JAVA 명령어를 이용하여, local.jar file과 spark.jar file를 활성화함. java -jar ~[GATK보관경로]/gatk-package-[버전이름].local.jar 위와 같이 활성화 아래도 똑같이 진행 java -jar ~[GATK보관경로]/gatk-package-[버전이름].spark.jar dictionary file 만드는 명령어 gatk CreateSequenceDictionary R=[reference file 경로] O=[.dict 생성될 경로] (o의 의미는 output) 위와 같이 끝나고 나면 chr1.dict file 생성됨 (생성된 것 확인할 것) 예) gatk CreateSequenceDictionary R=~/Desktop/demo/supporting_files/hg38_re/ch...
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#리눅스 -> Variant calling 총 정리 [#1~#12]

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NGS 결과물로 획득된, 데이터의 Mutation calling 총 정리 #데이터 획득의 순서 Bcl -> fasta -> sam -> bam -> vcf -> txt --------------------------------------------------------------------------------------- bcl-> fasta [illumina 기계 자체내에서 generate fastaq  진행] fasta -> mapping [BWA] sam/bam file -> samtool 이용 vcf -> GATK 이용하여 mutation calling txt -> Annovar이용하여 annotation --------------------------------------------------------------------------------------- #설치해야하는 프로그램 (설치하기 전에 update 해야 함. sudo apt-get update) sudo apt-get y install bwa sudo apt-get install samtools sudo apt-get install aptitude sudo apt-get install python-is-python3 ----------------------------------------------------------------------------------------------------- sudo apt-get install openjdk-17-jdk sudo gedit ~/.bashrc 텍스트 편집기가 나타나면 하단의 명령어 추가 입력 #JAVA home setting export JAVA_HOME=$(dirname $(dirname $(readlink -f $(which java)))) export PATH=$PATH:$JAVA_HOME/bin 저장하기 누른 후, 텍스트 편집기 닫기 현재 켜져있는 터미널 창에 바로 적...
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