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#single cell sequencing 기초 분석 - #1 R 설치 및 package 설치

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1. R 설치 R과 R-studio를 설치할 것. 순서는 R 먼저 설치 완료 후 R-studio를 설치해야함. 순서는 반드시 지켜야 함. R 설치 URL: https://cran.yu.ac.kr/ R studio 설치 URL: https://posit.co/downloads/ 2. R package 설치 아래의 필요한 라이브러리를 install.packages("")의 명령어를 입력하여 설치      필요한 라이브러리   library(dplyr)   library(Seurat)   library(patchwork)   library(multtest)   library(metap)   library(ggplot2)   library(devtools)   - 설치 명령어 (multtest와 metap의 경우 Seurat안에 들어가있는 라이브러리이나 설치가 되지 않을 경우도 있기에 포함함.)   install.packages("dplyr")   install.packages("Seurat")    install.packages("patchwork")    install.packages("multtest")   install.packages("metap")    install.packages("ggplot2")    install.packages("devtools")  위의 명령어로 설치가 되지 않는 경우는 아래의 방법을 이용하여 설치가 가능함.  if (!require("BiocManager", quietly = TRUE))     install.packages("BiocManager") BiocManager::install("라이브러리이름") 혹시 설치에 계속해서 에러가 뜨는 경우는 R의 버전이 호환되지 않을 경우가 ...
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리눅스 기초 #10 GATK calling을 사용하기 위하여, reference file indexing하는 방법

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  GATK를 이용하여 돌연변이를 callilng하기 위해서는 indexing 작업이 필수적임 (대용량의 데이터를 처리하기 간편하게 위해서라고 생각하면 됨) #1) .fai파일 형성하기 samtools faidx ~[reference file을 보관한 경로] 예제는 전체 fasta file를 하기에는 시간상, chromosome 1을 대상으로 진행하겠음. samtools faidx ~/Desktop/demo/supporting_files/hg38_re/chr1.fa 위의 명령어가 제대로 되었다면, chr1.fa.fai 파일이 형성됨. ---------------------------------------------------------------------------------------------------- #2) .dict file 형성하기 GATK를 이용하여 진행할 것이므로 아래와 같이 GATK를 다운 받은 곳을 기반으로 경로 설정이 진행되어야 함. alias gatk ~[GATK을 다운받아서 unzip한 파일의 경로] 예) alias gatk="/home/sj/Downloads/gatk-4.3.0.0/gatk" JAVA 명령어를 이용하여, local.jar file과 spark.jar file를 활성화함. java -jar ~[GATK보관경로]/gatk-package-[버전이름].local.jar 위와 같이 활성화 아래도 똑같이 진행 java -jar ~[GATK보관경로]/gatk-package-[버전이름].spark.jar dictionary file 만드는 명령어 gatk CreateSequenceDictionary R=[reference file 경로] O=[.dict 생성될 경로] (o의 의미는 output) 위와 같이 끝나고 나면 chr1.dict file 생성됨 (생성된 것 확인할 것) 예) gatk CreateSequenceDictionary R=~/Desktop/demo/supporting_files/hg38_re/ch...
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