리눅스 기초 #8 human reference file 다운 받기

 

[Mapping을 하기 위해서는 human reference file을 받고, 이를 통해 지정해줘야 함.]

# reference file 다운 받는 방법

(- defalt값으로 설정된 곳에 다운 받는 것이 아니라, 내가 원하는 폴더를 지정하여 다운 받고자 함.)

wget -p [내가 원하는 경로] [다운받을 주소]

-1) hg38 모든 fasta file 을 한꺼번에 다운받는 방법

wget -P ~/Downloads/demo/test https://hgdownload.soe.ucsc.edu/goldenPath/hg38/bigZips/hg38.fa.gz

다운 받은 이후, zip 해제

unzip ~/Desktop/demo.test.hg38.fa.gz

위와 같이 폴더를 들어가지 않고 설정하여, unzip 할 수 있음.

-2) hg38 모든 chromosome 별로 나눠서 다운로드 받는 방법

wget -P ~/Downloads/demo/test http://hgdownload.cse.ucsc.edu/goldenPath/hg38/bigZips/chromFa.tar.gz

tar xvzf  ~/Desktop/demo/test/chromFa.tar.gz

or 

unzip~/Desktop/demo/test/chromFa.tar.gz