Single cell RNA analysis _ #4 클러스터 분석하기

 # 클러스터내의 마커 유전자 찾기

cluster0_markers <- FindMarkers(seurat.integrated, ident.1 = 0, group.by = "seurat_clusters")

cluster1_markers <- FindMarkers(seurat.integrated, ident.1 = 1, group.by = "seurat_clusters")

cluster2_markers <- FindMarkers(seurat.integrated, ident.1 = 2, group.by = "seurat_clusters")

cluster3_markers <- FindMarkers(seurat.integrated, ident.1 = 3, group.by = "seurat_clusters")

cluster4_markers <- FindMarkers(seurat.integrated, ident.1 = 4, group.by = "seurat_clusters")

cluster5_markers <- FindMarkers(seurat.integrated, ident.1 = 5, group.by = "seurat_clusters")

cluster6_markers <- FindMarkers(seurat.integrated, ident.1 = 6, group.by = "seurat_clusters")

cluster7_markers <- FindMarkers(seurat.integrated, ident.1 = 7, group.by = "seurat_clusters")

cluster8_markers <- FindMarkers(seurat.integrated, ident.1 = 8, group.by = "seurat_clusters")

cluster9_markers <- FindMarkers(seurat.integrated, ident.1 = 9, group.by = "seurat_clusters")

# 필요한 패키지 로드

library(openxlsx)

# 클러스터별 마커 데이터를 리스트로 정리

cluster_markers_list <- list(

  cluster0 = cluster0_markers,

  cluster1 = cluster1_markers,

  cluster2 = cluster2_markers,

  cluster3 = cluster3_markers,

  cluster4 = cluster4_markers,

  cluster5 = cluster5_markers,

  cluster6 = cluster6_markers,

  cluster7 = cluster7_markers,

  cluster8 = cluster8_markers,

  cluster9 = cluster9_markers

)

# 엑셀 파일로 저장

write.xlsx(cluster_markers_list, file = "cluster_markers.xlsx")

# 예를 들어, HT04 조건에서의 마커 유전자 확인

cluster0_markers_by_condition[["ht04"]]

# 필요한 패키지 로드

library(dplyr)

library(openxlsx)  # 엑셀 파일로 저장하기 위해 사용

# 빈 데이터 프레임 생성

# 유전자 이름은 첫 번째 열에, 각 조건별 로그 폴드 변화 값은 나머지 열에 저장됩니다.

gene_fc_table <- data.frame()

# 각 조건별로 데이터 추출 및 테이블 생성

for (condition in names(cluster0_markers_by_condition)) {

  markers <- cluster0_markers_by_condition[[condition]]

  

  if (!is.null(markers) && nrow(markers) > 0) {

    # 로그 폴드 변화 값 추출

    markers$Gene <- rownames(markers)  # 유전자 이름 추가

    markers$Condition <- condition  # 조건 이름 추가

    

    # 필요한 열만 선택 (유전자 이름과 로그 폴드 변화 값)

    markers_subset <- markers %>% select(Gene, avg_log2FC, Condition)

    

    # 데이터 프레임에 추가

    gene_fc_table <- bind_rows(gene_fc_table, markers_subset)

  }

}

# 데이터 프레임을 엑셀로 저장

write.xlsx(gene_fc_table, file = "cluster0_markers_by_condition.xlsx")

# 데이터 프레임을 화면에 출력 (옵션)

print(gene_fc_table)