리눅스 기초 #9 JAVA 다운로드 받기

 

GATK의 파일과 맞는 버전의 java를 설치해야 함.


GATK-4.3.0.0의 경우 JAVA 11로 가능함
GATK-4.4.0.0의 경우 JAVA 17를 사용해야 함. 


sudo apt-get update

sudo apt-get install openjdk-17-jdk


위의 명령어를 입력하면  

Do yot want to continue? 라고 안내가 나오면 y를 입력하면 됨. 


설치되면 

~$ java --version으로 확인



그 후 JAVA 설정을 해줘야 함.

sudo gedit ~/.bashrc

위의 명령어 입력 -> PW  입력
하단과 같이 나타남. 


#JAVA home setting
export JAVA_HOME=$(dirname $(dirname $(readlink -f $(which java))))
export PATH=$PATH:$JAVA_HOME/bin

위와 같이 .bashrc file에 작성해줄 것


바로 적용하기
$ source ~/.bashrc


설정 확인

$ echo $JAVA_HOME

/usr/lib/jvm/java-17-openjdk-am64




참고 - https://davelogs.tistory.com/71

댓글

이 블로그의 인기 게시물

#single cell sequencing 기초 분석 - #1 R 설치 및 package 설치

리눅스 기초 #10 GATK calling을 사용하기 위하여, reference file indexing하는 방법