리눅스_기초 #6. GATK install
Sample에 존재하는 Mutation을 확인하기 위하여, GATK tool을 사용함.
따라서, GATK tool을 사용하기 위한 install 방법
1) 하단의 링크를 따라서, 들어가서 zip file 다운받기
https://github.com/broadinstitute/gatk/releases
unzip gatk-4.4.0.0
#single cell sequencing 기초 분석 - #1 R 설치 및 package 설치
1. R 설치 R과 R-studio를 설치할 것. 순서는 R 먼저 설치 완료 후 R-studio를 설치해야함. 순서는 반드시 지켜야 함. R 설치 URL: https://cran.yu.ac.kr/ R studio 설치 URL: https://posit.co/downloads/ 2. R package 설치 아래의 필요한 라이브러리를 install.packages("")의 명령어를 입력하여 설치 필요한 라이브러리 library(dplyr) library(Seurat) library(patchwork) library(multtest) library(metap) library(ggplot2) library(devtools) - 설치 명령어 (multtest와 metap의 경우 Seurat안에 들어가있는 라이브러리이나 설치가 되지 않을 경우도 있기에 포함함.) install.packages("dplyr") install.packages("Seurat") install.packages("patchwork") install.packages("multtest") install.packages("metap") install.packages("ggplot2") install.packages("devtools") 위의 명령어로 설치가 되지 않는 경우는 아래의 방법을 이용하여 설치가 가능함. if (!require("BiocManager", quietly = TRUE)) install.packages("BiocManager") BiocManager::install("라이브러리이름") 혹시 설치에 계속해서 에러가 뜨는 경우는 R의 버전이 호환되지 않을 경우가 ...
댓글
댓글 쓰기